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分子蒸餾是一種特殊的液--液分離技術，它不同于傳統蒸餾依靠沸點差分離原理，而是靠不同物質分子運動平均自 由程的差別實現分離。
當液體混合物沿加熱板流動并被加熱，輕、重分子會逸出液面而進入氣相，由于輕、重分子的自由程不同，因此，不同物質的分子從液面逸出后移動距離不同，若能恰當地設置一塊冷凝板，則輕分子達到冷凝板被冷凝排出，而重分子達不到冷凝板沿混合液排出。這樣，達到物質分離的目的。
在沸騰的薄膜和冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅動力，對于微小的壓力降就會引起蒸汽的流動。在1mbar下運行要求在沸騰面和冷凝面之間非常短的距離，基于這個原理制作的蒸餾器稱為短程蒸餾器。短程蒸餾器（分子蒸餾）有一個內置冷凝器在加熱面的對面，并使操作壓力降到0.001mbar。
短程蒸餾器是一個工作在1~0.001mbar壓力下熱分離技術過程，它較低的沸騰溫度，非常適合熱敏性、高沸點物。其基本構成：帶有加熱夾套的圓柱型筒體，轉子和內置冷凝器；在轉子的固定架上裝有刮膜器和防飛濺裝置。內置冷凝器位于蒸發器的中心，轉子在圓柱型筒體和冷凝器之間旋轉。
短程蒸餾器由外加熱的垂直圓筒體、位于它的中心冷凝器及在蒸餾器和冷凝器之間旋轉的刮膜器組成。
在實際的工業化應用中較常規蒸餾技術具有以下明顯的優勢。對于高沸點、熱敏性及易氧化物料的分離, 分子蒸餾提供了*分離方法。因為分子蒸餾是在很低溫度下操作, 且受熱時間很短; 分子蒸餾可極有效地脫除液體中的低分子物質（如有機溶劑、臭味等）, 這對于采用溶劑萃取后液體的脫溶是非常有效的方法; 分子蒸餾可有選擇的蒸出目的產物, 去除其他雜質, 通過多級分離可同時分離兩種以上的物質; 分子蒸餾的分離過程是物理過程, 因而可很好地保護被分離物質不受污染和侵害。隨著工業化的發展, 分子蒸餾技術已廣泛應用于高附加值物質的分離, 特別是天然物的分離, 因而被稱為天然品質的保護者和回歸者。
